file(REMOVE_RECURSE
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_all_ed.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_all_ed.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_all_sw.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_all_sw.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_ed.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_ed.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_ed.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_ed.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_sw.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_sw.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_wfa.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_paired_wfa.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_sw.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_sw.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_wfa.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_best_approx_wfa.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_init.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_init.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_sort.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/aligner_sort.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/checksums.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/checksums.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/compute_thread.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/compute_thread.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/input_thread.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/input_thread.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/mapping.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/mapping.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/mapq.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/mapq.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/output_thread.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/output_thread.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/params.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/params.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/persist.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/persist.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/reduce.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/reduce.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_all.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_all.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_best.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_best.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_gapped.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_gapped.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_paired.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_paired.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_ungapped.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/score_ungapped.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/scoring_queues_test.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/scoring_queues_test.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/seed_hit_deque_array.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/seed_hit_deque_array.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/seed_hit_deque_array_test.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/seed_hit_deque_array_test.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/select.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/select.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/stats.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/stats.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/traceback.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/cuda/traceback.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/quality_coeffs.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/bowtie2/quality_coeffs.cu.o.d"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/cmake_device_link.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/nvBowtie.cu.o"
  "CMakeFiles/nvBowtie.dir/nvBowtie.cu.o.d"
  "nvBowtie"
  "nvBowtie.pdb"
)

# Per-language clean rules from dependency scanning.
foreach(lang CUDA)
  include(CMakeFiles/nvBowtie.dir/cmake_clean_${lang}.cmake OPTIONAL)
endforeach()
